Vysočina tvoří společně s Jihomoravským krajem takzvaný Region soudržnosti NUTS II Jihovýchod. Oba regiony mají společný regionální operační program, jehož řídicím orgánem je regionální rada. Rada přijímá a hodnotí žádosti o dotaci z ROP a následně pak poskytuje dotace na projekty.
Orgány regionální rady jsou výbor regionální rady, předseda regionální rady a úřad regionální rady. Sídlo je v Brně, detašované pracoviště v Jihlavě.
Tabulka – Složení výboru regionální rady
Během roku 2007 začalo být všem zájemcům k dispozici Eurocentrum Jihlava (otevřeno 4. září 2006). Právě na pracovníky Eurocentra se mohou obyvatelé Vysočiny obracet se svými dotazy týkajícími se evropské problematiky, vybrat si z velkého množství informačních materiálů a využít mnoho dalších doplňkových služeb pro detailnější poznání Evropské unie. Eurocentrum se nachází v přízemí budovy Muzea Vysočiny v horní části Masarykova náměstí č. 55 v Jihlavě.
Vysočina má dnes v Evropě pět partnerských regionů. Aktuálně zahájila spolupráci se Zakarpatskou Ukrajinou a v roce 2007 probíhaly velmi intenzivní přípravy této spolupráce. Zakarpatskou Ukrajinu navštívily krátce po sobě dvě pracovní delegace z Vysočiny a našly oblasti vzájemně prospěšného partnerství. V listopadu 2007 schválilo smlouvu o spolupráci krajské zastupitelstvo.