Kraj zřizuje 5 nemocnic. V roce 2006 v nich bylo pro pacienty k dispozici 2 977 lůžek.
Tabulka – Průměrné počty lůžek v nemocnicích kraje Vysočina v roce 2006
Od státu kraj nemocnice převzal v roce 2003 a od té doby se jejich hospodaření viditelně změnilo.
Graf – Hospodářský výsledek krajských nemocnic v mil. Kč
Graf – Kumulovaná ztráta nemocnic (mil. Kč)
Přesto každým rokem kraj musí své nemocnice dotovat částkou kolem 300 milionů korun.
Tabulka – Vybrané významné výdaje v kapitole zdravotnictví v roce 2006