Nejrozsáhlejším počinem, který kraj v souvislosti se vstupem Česka do EU zahájil, je projekt „Partnerství pro Vysočinu“. Cílem projektu je připravit všechny potenciální budoucí žadatele v kraji (obce, podnikatele, zemědělce, neziskové organizace, mikroregiony a další) i kraj jako celek na čerpání dotací z evropských fondů v období 2007–2013.
v utváření místních partnerství a přípravě Regionálního operačního programu (ROP)
v určení priorit rozvoje a vyhledávání kvalitních projektových záměrů
ve vzdělávání subjektů v kraji v problematice evropských fondů, zpracování a řízení projektů
ve zvyšování kvality veřejné správy, které umožní účinnější uplatňování principu partnerství na místní i regionální úrovni
Při přípravě příštího programovacího období EU 2007–2013 spolupracuje Kraj Vysočina s tzv. místními partnerstvími. Jde o neformální pracovní skupiny složené ze zástupců mikroregionů, místních akčních skupin, obcí, místních organizací, institucí, firem i aktivních jednotlivců.
Vznikl tak „Regionální operační plán kraje Vysočina“, který sloužil jako jeden z podkladových materiálů při zpracování „Regionálního operačního programu NUTS II Jihovýchod“.