Na Vysočině bylo k roku 2006 evidováno také 8 nemovitých národních kulturních památek, které jsou nejvýznamnější součástí kulturního bohatství národa a jež vyhlašuje vláda.
Rodný dům Karla Havlíčka Borovského
Zámek Telč
Kostel sv. Jana Nepomuckého na Zelené hoře
Zřícenina hradu Lipnice nad Sázavou
Zámek Jaroměřice nad Rokytnou
Zámek Náměšť nad Oslavou
Klášter s kostelem sv. Prokopa v Třebíči
Židovský hřbitov v Třebíči
Jedním z důležitých nástrojů podpory kulturního dědictví je poskytování finančních příspěvků vlastníkům na obnovu kulturních památek z rozpočtu kraje Vysočina nebo z grantových programů Fondu Vysočiny. V roce 2006 Kraj Vysočina podpořil obnovu 156 památkově chráněných objektů v celkovém objemu prací téměř 52 000 000 Kč. Kraj přispěl částkou přes 15 milionů a vlastníci vložili do obnovy svých památek 28,5 milionů Kč. Spoluúčast obcí, na jejichž katastrálních územích se památky nacházejí, činila přes 8 000 000 Kč.
Odbor kultury a památkové péče vykonává v samostatné působnosti také zřizovatelské funkce k 10 příspěvkovým organizacím, což mimo jiné znamená, že kraj zčásti hradí jejich provoz.