Na veřejnou vlakovou dopravu kraj přispěl 248 000 000 Kč, na žákovské jízdné 7 000 000 Kč. Doplatek na 1 obyvatele kraje tak v přepočtu činí 500 Kč za rok.
Kraj má smlouvu o závazku veřejné služby (základní dopravní obslužnosti) uzavřenou se 2 dopravci (České dráhy, a. s., a Jindřichohradecké místní dráhy, a. s.).
Celková délka tratí na Vysočině činí 592 kilometrů a hustota železniční sítě je 0,086 km tratě/km2, což je 2. nejnižší hodnota v rámci České republiky. Železniční síť pokrývá 195 z 704 obcí kraje.
Vysočinou projede za běžný pracovní den (24 hodin) 389 vlaků regionální dopravy a 40 rychlíků.
Ze 704 obcí má 83 % zajištěnou dopravní obslužnost jen autobusem, 16 % obcí autobusem i vlakem a pouze 4 obce jen vlakem (Sedlejov, Mysliboř a Slaviboř na Jihlavsku a Plačkov na Pelhřimovsku).
Kraj v roce 2006 přispěl:
14,70 Kč na 1 ujetý km v rámci základní dopravní obslužnosti v autobusové dopravě (celkem 221 milionů korun)
55,10 Kč na 1 ujetý km v rámci dopravní obslužnosti v drážní dopravě (celkem 248 milionů Kč)
Graf – Rozdělení autobusových dopravců do skupin podle počtu ujetých kilometrů základní dopravní obslužnosti v roce 2006