Odkanalizování a čištění odpadních vod v obcích je i přes roztříštěnou sídelní strukturu na území kraje a vysoký počet malých obcí na poměrně dobré úrovni. Obce intenzivně pracují na naplnění požadavku EU, podle kterého mají být na čistírny odpadních vod (ČOV) do roku 2010 napojeny všechny obce, jež jsou zdrojem znečištění velikosti nad 2 000 ekvivalentních obyvatel. Ne všechny stávající ČOV svým technickým řešením umožňují dosáhnout vyčištění odpadních vod na úroveň odpovídající současným legislativním požadavkům. Problematický je technický stav starších kanalizačních sítí zejména z let 1950–1970 a absence ucelených kanalizačních systémů v malých sídlech.
Tabulka – Podíl obyvatel zásobených vodou z veřejného vodovodu
Tabulka – Podíl obyvatel napojených na kanalizaci
Kraj Vysočina poskytuje na výstavbu a rekonstrukce ČOV a veřejných kanalizací obcím od roku 2004 dotace. Díky nim už na Vysočině vyrostly nebo byly rekonstruovány desítky ČOV a kilometry obecních kanalizací.
Tabulka – Dotace na výstavbu a rekonstrukce ČOV a veřejných kanalizací
Graf – Vývoj počtu obyvatel kraje Vysočina zásobovaných z veřejných vodovodů a napojených na veřejnou kanalizaci od roku 2002 do roku 2005