Hlavním orgánem je Řídící výbor ustavený v rámci Evropské komise (zást. čl. států, EK a Evropské banky) EK schvaluje Finanční memorandum (rozpis aktivit a výši prostředků pro danou zemi) Na národní úrovni jsou programy řízeny přímo institucemi v České republice – CFCU pro IB a příslušná ministerstva pro investice Pro období 2000-2002 – 79 MEUR ročně pro ČR (30% budování institucí, 70 % investice)