Hlavním orgánem je Řídící výbor ustavený v rámci Evropské komise (zást. čl. států,
EK a Evropské banky)
EK schvaluje Finanční
memorandum (rozpis aktivit a výši prostředků pro danou zemi)
Na národní úrovni jsou
programy řízeny přímo institucemi v České republice – CFCU pro IB a příslušná ministerstva pro investice
Pro období 2000-2002 –
79 MEUR ročně pro ČR (30% budování institucí, 70
% investice)